Voy a publicar esto aquí antes de que se me olvide. Desde que uso Prototype en mis desarrollos he tenido ciertos problemas con la rutina Ajax.Updater al intentar que me ejecute los scripts incluidos en fragmentos que traigo a la página via Ajax. Se supone que incluyendo la opción evalScripts deberia funcionar, pero no siempre es así. Investigando al final he concluido que la expresión regular que busca las cadenas que contienen los scripts no funciona adecuadamente (el problema está en el caracter \r).

Al final lo he parcheado y parece que funciona.

El cambio es el siguiente:

updateContent: function() {
var receiver = this.responseIsSuccess() ?
this.containers.success : this.containers.failure;

var match = new RegExp(Ajax.Updater.ScriptFragment, 'img');
var s = this.transport.responseText;
s = s.replace(new RegExp('\r','mg'),'');
var response = s.replace(match, '');
var scripts = s.match(match);

Actualización: Tras enviarle un email a Sam Stephenson, creador de prototype, he recibido su respuesta afirmativa en la que me confirma que tenia reportes de errores en Windows pero no había podido averiguarlo. Hoy me voy a dormir habiendo hecho mi contribución diaria al soft libre. ;-)